We wcześniejszych doniesieniach pisaliśmy, że w celu uzyskania maksymalnego przyrostu populacji murarek w następnych latach, konieczne jest rozłupywanie trzcinowych gniazd, wydobywanie kokonów i przenoszenie do zimowli tylko dobrze rozwiniętych kokonów, bez oznak spasożytowania jakimi mogą być okrągłe otwory w kokonach.
Podczas wydobywania kokonów z gniazd należy zwrócić szczególną uwagę na komórki,
w których nie ma kokonów, a które niemal w całości są wypełnione przez jasnobrunatne skupisko małych roztoczy (Chaetodactylusosmiae), które namnożyły się na pyłku zgromadzonym przez samice murarki. Jeżeli pomiędzy kokonami znajdują się spasożytowane komórki, kokony należy wyjmować ostrożnie, by w miarę możliwości na ich powierzchnie nie dostały się roztocza.
Przechowywanie oprzędów murarek przez zimę nie jest szczególnie kłopotliwe. Wystarczy spełnić kilka warunków żeby pszczoły przezimowały w dobrej kondycji i wygryzły się w zadawalającym, przekraczającym 90 procencie.
Już w czasie zabierania zasiedlonych gniazd z uprawy należy zaplanować miejsce do przechowywania gniazd. Pomieszczenie powinno być chłodne. Przechowywanie gniazd
w ogrzewanych budynkach do czasu wydobywania kokonów np. w grudniu lub styczniu, może prowadzić do zamierania pszczół w kokonach. Ogrzewane pomieszczenia charakteryzują się zwykle niską wilgotnością powietrza, co sprawia, że kokony w trzcinowych rurkach wysychają. Ponadto każdy dorosły owad zimujący w kokonie ma
w odwłoku odłożony zapas ciała tłuszczowego na zimę. Zbyt wysoka temperatura podczas zimowli wpływa na przyspieszenie metabolizmu owada, co w efekcie może doprowadzić do zużycia całego zapasu ciała tłuszczowego przed nastaniem wiosny i jego śmierci.
Dotychczas uważano, że najlepszym miejscem do przechowywania kokonów murarki przez zimę jest lodówka, w której temperatura zwykle oscyluję ok. 4 °C. Przechowywanie kokonów w lodówce ma jednak poważna wadę. Otóż, lodówki są zwykle ustawiane w ogrzewanych pomieszczeniach i, przy niewielkiej hodowli murarek, wykorzystywane są również do innych celów, np. przechowywania żywności. Takie lodówki są dość często otwierane i zamykane. Po otwarciu drzwi temperatura wewnątrz urządzenia wzrasta do kilkunastu stopni. Po zamknięciu drzwi agregat po kilku godzinach pracy obniża temperaturę do 3 – 4 °C. Ponowne otwarcie lodówki powoduje powtórny wzrost temperatury wewnątrz. I tak wielokrotnie. Takie wahania temperatury są dla murarek (zwłaszcza samców) sygnałem, że rozpoczyna się wiosna, bo właśnie wiosną obserwujemy skoki temperatury do kilkunastu stopni w dzień i nocne ochłodzenia, nawet poniżej zera. W związku z wahaniami temperatury, podczas przechowywania kokonów murarek w lodówkach, często obserwowaliśmy wygryzanie się samców nawet w styczniu.
Ostatnie obserwacje poczynione podczas zimowania dużych partii kokonów dowodzą, że temperatura do 10 °C podczas zimowli nie pogarsza przeżywalności pszczół oraz nie powoduje ich przedwczesnego wygryzania się. Spadki temperatury w pomieszczeniu z przechowywanymi kokonami poniżej zera nie mają negatywnego wpływu na przeżywalność owadów, bo przecież naturalne kolonie murarek tolerują spadki temperatury nawet poniżej minus 20 °C. W związku z powyższym, wydobyte z gniazd kokony, umieszczone w tekturowych pudełkach mogą być przechowywane np. w nieogrzewanych budynkach izolowanych styropianem. Styropian zabezpiecza pomieszczenie z kokonami przed drastycznymi spadkami temperatury zimą oraz przed nagłym wzrostem temperatury wiosną. Dobrymi miejscami są też chłodne, np. ziemne piwnice oraz przechowalnie owoców. Wyłączając oczywiście przechowalnie z kontrolowaną atmosferą. W każdym przypadku należy zwrócić szczególną uwagę na zabezpieczenie oprzędów przed gryzoniami. Poza tym warstwa kokonów w jednym pudełku nie powinna przekraczać kilku centymetrów. Gruba warstwa kokonów może powodować wzrost temperatur wewnątrz pudełka i wpływać na przedwczesne wygryzanie się owadów. Również przygotowując kokony do wysyłki należy pamiętać o tym, aby warstwa kokonów nie była zbyt gruba.
Kokony przechowane przez zimę w wyżej opisanych warunkach wystawiamy na plantacje, wraz z odpowiednia ilością materiału gniazdowego (700 trzcinowych rurek na 1 000 kokonów), w pierwszej połowie kwietnia. Jednak nie później niż na 2 tygodnie przed przewidywanym początkiem kwitnienia roślin.